Mais tarde, Roma passou a ser principal potência marítima, vendo-se obrigada, para proteger o florescente comércio que mantinha com outras regiões, a combater seus mercenários da véspera. Os primeiros a sofrer os efeitos de suas ações de "limpeza" foram os piratas ligúricos (século III a.C.); depois foi a vez dos ilíricos (século II a.C.), que infestavam o Mediterrâneo. Apesar disso, os "ladrões do mar" voltavam sempre, saqueando cidades e chegando mesmo a raptar cidadãos romanos. Entre 78 e 68 a.C., o general Quintus Caecillus Metellus lançou contra eles três grandes campanhas de extermínio. Esse esforço de guerra, porém, revelou-se inútil, pois os piratas ocultavam-se entre os rochedos, nos golfos e enseadas. Foi então que Cnaeus Pompeius Magnus (106-48 a.C.) resolveu adotar uma nova estratégia: dispondo de cinquenta navios, vinte legiões e 120.000 homens, dividiu o Mediterrâneo em setores e deu início a uma metódica e implacável caçada.

Em apenas quarenta dias, destruiu 120 esconderijos na Cicília, apresou 850 barcos, matou 10.000 piratas e prendeu outros 20.000, acabando com a pirataria no Mediterrâneo. Sob o imperador Augusto (63 a.C.-14 d.C.), Roma criou sua marinha permanente, e até o século III não se ouviu falar mais de piratas.